Para realizar sus actividades la Biblioteca Rafael García Granados está integrada por un coordinador del que dependen seis áreas:

1. Área de selección y adquisición bibliográfica. Encargada de seleccionar, adquirir, registrar, procesar, preparar y controlar los materiales seleccionados y solicitados por el personal académico del Instituto de Investigaciones Históricas.
2. Área de procesos técnicos. Encargada de actualizar, preservar y organizar el acervo de la biblioteca con el fin de que sus colecciones estén reflejadas en los catálogos.
3. Área de hemeroteca. Encargada de catalogar, actualizar y organizar la colección de publicaciones periódicas.
4. Área de colecciones especiales. Encargada de catalogar, actualizar, organizar y preservar las colecciones con que cuenta la biblioteca.
5. Área de canje y donación. Encargada de establecer convenios de canje y donación con las instituciones que estén relacionadas con el perfil del instituto.
6. Área de servicios al público. Encargada de proporcionar al personal del instituto y a los usuarios externos los servicios bibliotecarios y de información que requieran, en forma oportuna y eficaz.